科技部表示，台灣在南海科技區域合作是以解決區域共同科學問題及促進雙方互惠、互補為中心思維，第6屆台菲部長級科技會議將檢視VOTE計畫進度，規劃醫療及農業領域研究合作。
總統蔡英文上任後針對南海議題提出4項原則、5項做法，包括捍衛漁權、多邊協商、科學合作、人道救援與鼓勵海洋法研究人才等，藉由多邊國際合作，為維持區域穩定和平做出貢獻。
科技部長陳良基對中央社記者表示，台灣與南海鄰近國家面臨颱風、地震、洪水及海嘯等天然災害類型相似，加上氣候變遷，各國體認到獨善其身已無法有效減輕區域性自然災害造成的損失，須透過區域科技合作共同因應，以降低對經濟、社會及人民生命財產的衝擊。
他說，台灣在大氣、海洋、地質、地物與生態等領域科研實力，包括對颱風、地震的觀測能力及預警技術，甚至是災防科技及應變能力，都居於東南亞重要領先地位，具充足研究量能與一流科研人才。
在與南海鄰近國家國際科研合作上，陳良基說，台灣已建立長期良好的合作基礎，非常樂於與新南向各國分享，藉合作研究、學術及人才交流，共同提升科研成果，及解決區域面臨的共通性議題。
台灣與菲律賓西元2007年舉辦第一屆台菲部長級科技合作會議後，去年第5屆台菲部長級科技會議中，兩國科技部更啟動3件3年期的台菲火山（Volcanos）、海洋（Ocean）、颱風（Typhoon）及地震（Earthquake）計畫，簡稱VOTE計畫。
目前進展包括調查菲律賓西側島弧系統及地殼構造、利用寬頻地震網及大地測量以監測地震活動與潛能、研究颱風生成結構與變化，及氣候觀測與預報等，今年第6屆會議將進一步檢視成果。
科技部說，雙方規劃中的第6屆台菲部長級科技會議將進一步討論台菲醫療及農業領域研究合作，鼓勵雙邊人才合作及交流，確切的召開時間還在研商。
去年9月雙方已先在馬尼拉舉辦台菲次長級科技會議，在科技新南向政策下，雙方提出多項合作計畫，希望解決區域共同問題，推動雙邊人才培育，進而促成產業鏈結，帶動商機。