依新南向國家合作不同需求及過去合作基礎，邀請專家學者組織團隊，以臺灣的先進科學技術深化加值，提出各國所殷盼合作的深耕重點計畫項目，強化實質災防及環境相關研究課題; 建置與強化太平、東沙雙島研究站，增設即時傳輸系統;協助新南向國家建置發展災害情資決策系統與防災管理體系能力及技術服務。
以民生相關工程技術議題，藉由我國科技發展之經驗與技術能力，鼓勵學界以新南向國家為對象，進行具工程實務應用之研究與學術交流。
針對我國或已出現於東南亞、南亞地區的人畜共通傳染病、流感、結核病、腸病毒、登革熱等新興感染症，與新南向國家合作進行臨床與基礎研究，及培養人才團隊，研究主題包含蚊媒傳染病、新興感染症疫苗及診斷系統研發。
與新南向國家共同研發具經濟價值農作物之非化學動、植物保護製劑前瞻技術和產品，減少化學肥料、農藥施用，提升農產品的質和量，並加強農業人才及技術雙向交流，培養跨國農業人才。
1.規劃研究共同華語與文化現象在臺灣及東南亞各國間在地化的傳播與詮釋，謀求在地知識，在全球華語的文化生產和語言交融概念裡，透過共榮與互惠，謀求文化扎根，促使臺灣高教與研究深耕。 2.考量印度之經濟、科技與文化影響力近年亦受國際社會矚目，為強化臺印在人文社會科學領域的學術合作，規劃組建臺印間人文社會學術鏈，鼓勵雙方研究人員展開合作交流。
以醫療衛生及農業科技相關議題為主軸，鼓勵國內學者以現有研究為基礎，擴充加值國際交流，妥適運用有限之國際合作資源，提升臺灣科研成就之能見度。